A Organização Mundial de Saúde (OMS) estabeleceu um valor guia para a variante microcistina-LR. Foi recomendado 1µg/L desta toxina para águas de consumo humano, sendo considerado que, águas com uma concentração inferior a este valor são seguras do ponto de vista de saúde pública. Este valor está contemplado na legislação portuguesa (Dec-Lei 306/ 2007, 27 Agosto) como valor paramétrico de referência.
Os grupos fitoplanctónicos que podem apresentar algum risco para a saúde humana são aqueles a que se associa toxicidade. As cianobactérias e os dinoflagelados são os únicos grupos que têm capacidade de produzir toxinas.
Segundo a directiva relativa às águas destinadas ao consumo humano (80/778/CEE), a água de consumo humano não deve conter algas.
As elevadas quantidades de fitoplâncton, quer na primavera, quer no verão devem-se essencialmente às temperaturas elevadas, à forte luminosidade e à corrente praticamente inexistente (nas albufeiras e lagos). Outro factor que importa salientar é a elevada carga de nutrientes, sob a forma azotada e fosfatada, que contribui em grande parte para o aparecimento de densidades elevadas de cianobactérias.
As toxinas podem surgir em qualquer época do ano. No entanto, são mais comuns no verão visto ser a época em que aparecem maiores densidades de cianobactérias como consequência de elevadas cargas de nutrientes, elevadas temperaturas e forte luminosidade.
As amostras de água para análise de fitoplâncton devem ser recolhidas, sempre que possível, o mais próximo do local de captação de água para consumo.
As microcistinas são as toxinas mais comuns em águas portuguesas, mas não são as únicas produzidas pelas cianobactérias. É possível dividir as cianotoxinas em 3 grandes grupos, de acordo com a sua estrutura química: os péptidos cíclicos (incluindo as microcistinas e nodularinas hepatotóxicas), os alcalóides (incluindo as cilindrospermopsinas hepatotóxicas, as neurotoxinas e as citotoxinas) e os lipopolissacáridos, que são potencialmente irritantes (podem afectar qualquer tecido exposto).
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